15 июля 1929 года постановлением ВЦИК образован Шенкурский район.

В это время на его территории площадью 7700 кв. км в 409 населенных пунктах проживало 35,2 тыс. человек, в том числе в Шенкурске 2500 человек (по переписи 1926 года). На территории Ровдинского района площадью около 5200 кв. км насчитывалось 363 населенных пункта, где проживало 32200 человек (по переписи 1926 года). В Шенкурском районе было 24 сельских Совета, в Ровдинском – 19 сельсоветов.

Указом президиума Верховного Совета РСФСР от 11 сентября 1959 года и решением облисполкома от 15 сентября 1959 года Ровдинский район упразднён с передачей в состав Шенкурского шести сельсоветов: Верхопаденьгский, Михайловский, Паденьгский, Суландский, Усть-Паденьгский и Усть-Пуйский.

Указом президиума Верховного Совета РСФСР от 1 февраля 1963 года Шенкурский район преобразован в Шенкурский сельский район с центром в г. Шенкурске, в состав района вошли 12 сельских Советов. Указом президиума Верховного Совета РСФСР от 12 января 1965 года Шенкурский сельский район упразднен, образован Шенкурский район с центром в г. Шенкурске. Решением облисполкома от 18 января 1965 года территория района оставлена без изменения. Границы Шенкурского муниципального района установлены законом Архангельской области от 23 сентября 2004 года.

Площадь района сейчас 11300 кв. км, плотность населения 1,1 жителя на 1 кв. км. Численность населения на 1 января 2018 года – 12610, а том числе сельское – 7838, а в городе Шенкурске – 4772 человека.